Ősidők óta lakott hely, ahol Körös (Kewreus) patak és a környező erdők, legelők biztosították az életteret. A patak a mai Pécsszabolcs területéről induló, mai nevén Pécsi-víz medrében folyt. Pécsbagota területén már a rézkorban éltek emberek. Az ún. Balatoni csoport eszközeit maradványait megtalálták a régészek a temetőtől északra.Négyszögletes földbemélyedő kis házat, egyszerű sátortetővel, tűzhellyel. Magányos, oldalt fekvő zsugorított helyzetű csontvázas temetkezés is előkerült edénymelléklettel.
A honfoglalás idején Botond törzse szállta meg. 1262-ben Bagata, 1447-ben Bagotha nevű nemesek tulajdona volt. Egyes források szerint szláv Boguta névből ered a település neve.
1539-ben Istvánffy Pál kapta meg a települést János király-tól. Szigeth várának 1553. május 12-én kelt Lajstromoskönyvében szerepel Bagotha néven azon falvak nevei között, melyekben egytelkes nemesek laknak. A török hódoltság előtt a Bagothay családé.
1664-ben teljesen elpusztul, a költő és hadvezér Zrínyi Miklós égette fel az eszéki híd lerombolása után.Az üszögi uradalom községei közé tartozott az 1767. évi állapot szerint.A temetőben százévesnél régebbi sírkövek is találhatók.A XX. század elején már több kisbirtokos élt Pécsbagotán.
A második világháború után, a tanácsrendszer idején végzett központosítás során közös igazgatási szervezetet hoznak létre Szabadszentkirály központtal. A Közös Tanács elnöke Kasza József pécsbagotai lakos. Az akkori társult községek szoros kapcsolata az 1990-es választások óta fennmaradt.